Méthodes de calcul des décès

Méthode erronée

Cette méthode que l'on voit assez souvent sur internet propose de se rendre sur eudravigilance pour chaque vaccin dans l'onglet "Number of Individual Cases for a selected Reaction"

Ensuite de parcourir chaque "Reaction Groups" et de noter le nombre de cas dont l'Outcome est Fatal.

Enfin de faire la somme de tous les chiffres relevés.


Ce chiffre associé à "Fatal" se lit de la manière suivante :

Il y a 78 cas dont au moins un effet indésirable appartient au groupe "Blood and lymphatic system disorders" et pour lequel "Outcome" est "Fatal"

Le terme "Fatal" signifie bien que le patient est décédé, mais il est lié à l'effet indésirable et non au cas



Prenons un cas en exemple


Ici, il y a 4 effets indésirables dont l'Outcome est Fatal :

  • "Blood pressure decreased" appartenant au groupe "Investigations"
  • "Cardiac failure chronic" appartenant au groupe "Cardiac disorders"
  • "Dyspnoea" appartenant au groupe "Respiratory, thoracic and mediastinal disorders"
  • "Respiratory arrest" appartenant au groupe "Respiratory, thoracic and mediastinal disorders"

En additionnant les chiffres avec cette méthode, ce cas sera comptabilisé une fois dans chacun des groupes "Investigations", "Cardiac disorders" et "Respiratory, thoracic and mediastinal disorders".

Si nous voulions connaitre le nombre d'effets indésirables dont l'Outcome est Fatal, il devrait être comptabilisé 2 fois dans "Respiratory, thoracic and mediastinal disorders"

Si nous voulions connaitre le nombre de décès, il devrait être comptabilisé une seule fois peu importe les groupes.

En conclusion, à partir de cette méthode, la somme ne correspond ni au nombre de décès, ni au nombre d'effets indésirables dont l'Outcome est Fatal, c'est quelque chose entre les deux.

Récupération des données et traitement des fichiers

Rendez-vous sur eudravigilance pour chaque vaccin (liens disponibles en page d'accueil) dans l'onglet "Line Listing"


Si vous souhaitez n'avoir que les cas graves, sélectionnez "Serious" dans la liste déroulante "Seriousness"
Si vous souhaitez n'avoir que les cas EEA (Pays de l'Union Européenne + Norvège, Islande et Liechtenstein), sélectionnez dans la liste déroulante "Geographic Origin"

Cliquez sur le lien "Run line listing"


Dans la nouvelle fenêtre en bas de page à gauche, choisissez Export - Data - CSV comme sur l'image. Il y a une limite à 250000 lignes/cas donc selon ce que vous souhaitez récupérer, vous devrez le faire en plusieurs fois

Cette méthode est utilisée pour le site, puis les données sont traitées et enregistrées en base de données



Pour utiliser rapidement ces fichiers et obtenir le nombre de décès

Voici 2 scripts très courts qui vous donneront des chiffres très proches de la réalité, nombre de décès et nombre d'effets indésirables dont l'Outcome est Fatal :

En php :

                        
    <?php
    $filesName = glob('*.csv');
    $cptCas = $cptEI = 0;
    foreach($filesName as $fileName) {
        $lines = file($fileName);
        foreach($lines as $line) {
            if(stripos($line, 'Fatal')) {
                $cptCas++;
            }
            $cptEI += substr_count($line, 'Fatal');
        }
    }
    echo 'Nombre Cas - Décès : ' . $cptCas . "\n";
    echo 'Nombre EI - Fatal : ' . $cptEI . "\n";                    

En python :

                        
    # coding: utf-8
    import glob
    filesName = glob.glob('*.csv')
    cptCase = cptEI = 0
    for fileName in filesName:
        file = open(fileName, 'r')
        lines = file.readlines()
        for line in lines:
            if 'Fatal' in line:
                cptCase += 1
            cptEI += line.count('Fatal')

    print 'Nombre Cas - Décès : ', cptCase
    print 'Nombre EI - Fatal : ', cptEI